Fundada a 1 de Novembro de 1559 pelo Cardeal D. Henrique, Arcebispo de Évora, mais tarde Rei de Portugal, a partir do Colégio do Espírito Santo. Foi instituída por bula do Papa Paulo IV, como Universidade do Espírito Santo e entregue à Companhia de Jesus, que a dirigiu durante dois séculos. Em 1759 foi encerrada por ordem do Marquês do Pombal, aquando da expulsão dos Jesuítas.
Voltou a ser aberta em 1973, por decreto do então ministro da Educação, José Veiga Simão. No mesmo local onde a antiga Universidade fora fechada, foi criado o Instituto Universitário de Évora (IUE). Em 1976, a Escola Superior de Estudos Sociais e Económicos Bento de Jesus Caraça é extinta e os seus alunos são integrados no recém-criado Departamento de Economia do IUE. O Instituto Universitário de Évora dá lugar, em 1979 à nova Universidade de Évora.
Através do decreto com força de lei de 19 de abril de 1911 foi fixada a orgânica da Universidade de Lisboa. Em 2013 dá-se a fusão da Universidade Técnica de Lisboa com a Universidade de Lisboa.
06 de junho de 1973 - Instituto Politécnico de Vila Real
14 de setembro de 1979 - Instituto Universitário de Trás-os-Montes e Alto Douro
22 de março de 1986 - Universidade de Trás-os-Montes e Alto Douro
A Universidade do Porto foi criada por decreto, de 22 de março de 1911, do Governo Provisório da República Portuguesa. A UP foi inaugurada a 16 de julho de 1911 e, nesse mesmo dia, foi eleito o primeiro Reitor, o matemático Gomes Teixeira. A partir de agora é confiado à Universidade o seu próprio governo económico e científico. Também a autonomia do ensino é reconhecida. O governo da Universidade pertence aos corpos Académicos: Senado, Assembleia Geral dos Professores, Conselhos das Faculdades e Escolas e aos seus Delegados efectivos - Director e Reitor.
A Universidade do Porto rege-se pelos Estatutos da Fundação Universidade do Porto, aprovados em anexo ao Decreto-Lei n.º 96/2009, de 27 de abril e pelos Estatutos da Universidade, aprovados pelo seu Conselho Geral em 26 e 27 de junho de 2014 e homologados pelo Governo através do Despacho Normativo n.º 8/2015, de 25 de maio.