Foi fundada em 1985 e Declarada de Utilidade Pública a partir de 1991 (D.R. nº 228, II Série, de 03/10/1991).
O ISPA iniciou a sua atividade em 1962 com a designação de Instituto de Ciências Psicopedagógicas. A inauguração do Instituto tem lugar em 7/11/1962 sendo que a oferta formativa incluía quatro secções: três de Psicologia Aplicada (Psicologia Pedagógica, Psicologia Clínica e Psicologia Industrial) e uma de Teologia.
Herdeira de um longo percurso histórico com raízes no Instituto Nacional de Educação Física (INEF), criado em 1940, e no Instituto Superior de Educação Física (ISEF), integrado na Universidade Técnica de Lisboa em 1975, aprova, em Conselho de Escola, nos termos do artigo 46.º dos Estatutos da Universidade de Lisboa homologados pelo Despacho Normativo n.º 5 -A/2013, de 18 de abril.