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O MCTES tem origem no Ministério da Ciência e Tecnologia, criado em 1995. Em 2002, passou a tutelar o ensino superior - até aí tutelado pelo Ministério da Educação, tutela esta que passou novamente para o Ministério da Educação em 2011 - passando a designar-se "Ministério da Ciência e Ensino Superior". Depois disso, apesar ter mantido as mesmas competências, mudou várias vezes de designação - acompanhando as mudanças de titulares - passando a "Ministério da Ciência, Inovação e Ensino Superior" em 2004 e "Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior" em 2005.
Em 2015, com o XXI Governo Constitucional, a Ciência e o Ensino Superior foram novamente autonomizados em relação ao Ministério da Educação.