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Criado e sujeito à tutela e superintendência do Ministro da Ciência e Tecnologia, tendo a sua Lei Orgânica sido aprovada através do Decreto-Lei n.º 187/97, de 28 de julho. Extinto, formalmente, em 2002 (Decreto-Lei n.º 205/2002, de 7 de outubro), as suas atribuições e competências passaram para o Gabinete de Relações Internacionais da Ciência e do Ensino Superior (GRICES).

Com origem no Gabinete de Estudos Corporativos (GEC), criado em 28 de Maio de 1949 o qual, por sua vez, esteve na origem do Gabinete de Investigações Sociais (GIS), fundado por Adérito Sedas Nunes, em 1961, teve como assistente e principal colaborador Mário Murteira, o ICS passou a instituto autónomo da Universidade de Lisboa em 1982, e adquiriu o estatuto de laboratório associado em 2002.

Tutelado pelos ministérios do Ambiente e da Agricultura, Florestas e Desenvolvimento Rural. Resultou da fusão, em 2012, da Autoridade Florestal Nacional (AFN) com o Instituto da Conservação da Natureza e da Biodiversidade, I.P., bem como da integração do Fundo Florestal Permanente.