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Com origem no Real Museu de História Natural e Jardim Botânico, criado na segunda metade do século XVIII, na Ajuda (Lisboa), foi depois alojado na Real Academia das Ciências e finalmente transferido para a Escola Politécnica (1858), tomando primeiro a designação de Museu Nacional de Lisboa (1861).
Em 1911, com a criação da Universidade de Lisboa, o Museu foi declarado estabelecimento anexo à Faculdade de Ciências,passando a designar-se Museu Nacional de História Natural em 1926."

Criado pela Agência Japonesa de Ciência e Tecnologia.