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Instalado no edifício da antiga Escola Politécnica de Lisboa, sito na Rua da Escola Politécnica, ao Príncipe Real, no campus da Politécnica da Universidade de Lisboa, partilhava o espaço físico do edifício com o Museu Nacional de História Natural, dependendo ambos os museus directamente da Reitoria da Universidade de Lisboa.

Estabelecido formalmente no final de 2015, como resultado da fusão do Museu de História Natural da U.Porto e do Museu da Ciência da U.Porto/Núcleo da Faculdade de Ciências da U.Porto, o Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP).