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Sede institucional, localizada inicialmente em Lisboa, deslocada posteriormente em Coimbra, está atualmente sedeada nas instalações do seu associado dos Açores (Departamento de Oceanografia e Pescas na Horta), com base num convénio de colaboração institucional.
Obteve em 2001 o estatuto de instituição de utilidade pública (Despacho nº 62/2001 da Secretaria Geral da Presidência do Conselho de Ministros – D.R., II Série, nº 44 de 21/02/2001; pp.: 3484

Antigo laboratório de Estado - tutelado pelo Ministério da Ciência, Tecnologia e Ensino Superior de Portugal e com sede no Palácio Burnay, na Rua da Junqueira em Lisboa - que se dedicava ao saber tropical. Tem origem na Comissão de Cartografia criada em 1883, tendo sido dirigido, desde 2004 até à sua extinção, pelo Professor Jorge Braga de Macedo.