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Criado pela Agência Japonesa de Ciência e Tecnologia.

Estabelecido formalmente no final de 2015, como resultado da fusão do Museu de História Natural da U.Porto e do Museu da Ciência da U.Porto/Núcleo da Faculdade de Ciências da U.Porto, o Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP).

Instalado no edifício da antiga Escola Politécnica de Lisboa, sito na Rua da Escola Politécnica, ao Príncipe Real, no campus da Politécnica da Universidade de Lisboa, partilhava o espaço físico do edifício com o Museu Nacional de História Natural, dependendo ambos os museus directamente da Reitoria da Universidade de Lisboa.