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Instalado no edifício da antiga Escola Politécnica de Lisboa, sito na Rua da Escola Politécnica, ao Príncipe Real, no campus da Politécnica da Universidade de Lisboa, partilhava o espaço físico do edifício com o Museu Nacional de História Natural, dependendo ambos os museus directamente da Reitoria da Universidade de Lisboa.

Estabelecido formalmente no final de 2015, como resultado da fusão do Museu de História Natural da U.Porto e do Museu da Ciência da U.Porto/Núcleo da Faculdade de Ciências da U.Porto, o Museu de História Natural e da Ciência da Universidade do Porto (MHNC-UP).

Criado pela Agência Japonesa de Ciência e Tecnologia.

Com origem no Real Museu de História Natural e Jardim Botânico, criado na segunda metade do século XVIII, na Ajuda (Lisboa), foi depois alojado na Real Academia das Ciências e finalmente transferido para a Escola Politécnica (1858), tomando primeiro a designação de Museu Nacional de Lisboa (1861).
Em 1911, com a criação da Universidade de Lisboa, o Museu foi declarado estabelecimento anexo à Faculdade de Ciências,passando a designar-se Museu Nacional de História Natural em 1926."